Salah satu kekhawatiran terbesar tentang komputer kuantum adalah kemampuannya untuk memecahkan enkripsi. Protokol seperti RSA bergantung pada analisis bilangan prima besar, sebuah proses yang bisa memakan waktu jutaan tahun dengan komputer klasik. Tetapi dengan kekuatan komputasi yang luar biasa, komputer kuantum dapat memecahnya hanya dalam beberapa menit.